Rækken af sygdomme som man tillægger autoimmune årsager er vokset med årene. De tæller bl.a. en række gigt- og bindevævssygdomme samt visse tarmsygdomme. I andre tilfælde angriber antistoffer kroppens insulinproducerende celler hvorefter der opstår sukkersyge. Det er autoantistoffer man leder efter når man skal afgøre om en sygdom er autoimmun.
På overfladen af alle celler, bakterier, virus og stoffer i det hele taget sidder der molekylestrukturer der er særegne for hver mikroorganisme og vævstype. Disse strukturer kaldes antigener. Når kroppens antistoffer angriber fremmedlegemer kender de forskel på de forskellige celletyper v.h.a. disse overfladeantigener.
Folk med særlige vævstyper rammes oftere end andre af autoimmun sygdom. Årsagen til en sådan fejlkodning af immunsystemet er ikke klarlagt endnu; men ofte ses autoimmun sygdom udløst efter et følelsesmæssigt chok eller en bakterieinfektion.
En teori går ud på at en tynd og utæt tarmslimhinde (se Utæt tarm) – muligvis som følge af langvarig antibiotika- eller hormonbehandling - lader stoffer trænge over i blodet som ender med at overbelaste og fejlkode immunforsvaret.
Andre voldsomme immunologiske begivenheder som f.eks. vaccination har været under mistanke som udløsende faktor; men den teori har ikke vundet stor udbredelse. Ligeså udsættelse for giftstoffer / sprøjtegifte eller et overforbrug af animalsk protein har været under mistanke som udløsende faktorer af autoimmun sygdom.
