Opstår udbruddet på kønsdelene opleves det ofte meget pinefuldt. Udbrudsvarsel mærkes gerne i nervebanerne umiddelbart før.
Mænds herpesudbrud opstår mest på penishuden, men udslættet kan også sidde på huden ved kønsbehåringen, ved anus og i urinrøret. Urinrørskatar fremkaldt af herpes giver stærke smerter, når man tisser.
Hos homoseksuelle mænd, som bruger penis i endetarmen ved samleje, kan herpes opstå i tarmen. Disse udbrud kan give blødning fra tarmen, krampagtige smerter, der stråler ned i benene, føleforstyrrelser i nederste del af lænden, og lymfeknuderne i lysken kan blive ømme og hæve.
Kvinders herpesudbrud kan generelt være meget smertefulde. Særligt det første anfald efter smitten kan gøre sengeleje nødvendig. Udbruddet sidder mest i slimhinderne i de ydre kønsorganer, men kan også opstå på lårets inderside, på endebalden, på hoften og ved anus. Desuden kan der opstå herpes på den del af livmoderhalsen, som kommer ned i skeden, hvilket kan give smerter i bækkenet pga. af hævede lymfeknuder.
Der er hos kvinder påvist en vis sammenhæng mellem kræft i livmoderhalsen og herpes på kønsorganerne. Det ser dog ud til, at virus i sig selv ikke er nok til at udvikle kræft, men at virus skal ledsages af andre medvirkende faktorer f.eks. tobaksrygning, for at give øget risiko for kræft.