Uppstår utbrottet på könsdelarna upplevs det ofta mycket pinsamt. Utbrottsvarsel märks gärna i nervbanorna omedelbart före.
Mäns herpesutbrott uppstår mest på penishuden men utslagen kan också sitta på huden vid könsbehåringen, vid anus och i urinröret. Urinrörskatarr framkallt av herpes ger starka smärtor när man kissar. Hos homosexuella män som använder penis i ändtarmen vid samlag kan herpes uppstå i tarmen. Dessa utbrott kan ge blödning från tarmen, krampaktiga smärtor som strålar ner i benen, känslostörningar i nedersta delen av länden och lymfknutorna i ljumsken kan bli ömma och svullna.
Kvinnor herpesutbrott kan generellt vara mycket smärtsamma. Särskild det första anfallet efter smittan kan göra sängläge nödvändigt. Utbrottet sitter mest i slemhinnan i de yttre könsorganen men kan också uppstå på lårets innesida, på skinkan, på höften och vid anus. Dessutom kan det uppstå herpes på den del av livmoderhalsen som kommer ner i slidan, vilket kan ge smärtor i bäckenet p g a svullna lymfknutor.
Det är hos kvinnor påvisat ett visst sammanhang mellan cancer i livmoderhalsen och herpes på könsorganen. Det ser dock ut som om virus i sig själv inte är nog till att utveckla cancer utan att viruset ska ledsagas av andra medverkande faktorer, t ex rökning, för att ge ökad risk för cancer.